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Text File  |  1995-07-26  |  2KB  |  50 lines
  1. ************************
  2. * Clusterin signatures *
  3. ************************
  4.  
  5. Clusterin is a vertebrate glycoprotein [1]  which  is  known by various names:
  6.  
  7.  - In Human as complement-associated  protein SP-40,40,  complement  cytolysis
  8.    inhibitor (CLI), NA1/NA2, and apolipoprotein J (Apo-J).
  9.  - In rat as sulfated glycoprotein 2 (SGP-2), dimeric acid glycoprotein (DAG),
  10.    and Testosterone Repressed Prostate Message-2 (TRPM-2).
  11.  - In bovine as glycoprotein III (GP-III).
  12.  - In dog as glycoprotein 80 (gp-80).
  13.  - In quail as protein T64.
  14.  
  15. The exact function  of  this  protein  is  not  yet  clear,  it is known to be
  16. expressed in a variety of tissues and  it  seems  to be able to bind to cells,
  17. membranes, and hydrophobic proteins.  It has  been  associated with programmed
  18. cell death.
  19.  
  20. Clusterin is  synthesized as a precursor polypeptide of about 400  amino acids
  21. which is post-translationally cleaved to form two subunits (of about 200 amino
  22. acids each).  The  two  subunits are linked by five disulfide bonds to form an
  23. antiparallel ladder-like structure [2]. In  each of  the  mature  subunits the
  24. five cysteines that are  involved  in disulfide bonds are clustered in domains
  25. of about 30 amino acids located in the central part of the subunits.
  26.  
  27. We have developed two signature patterns for clusterin, each  of them contains
  28. three cysteines, the first pattern is  derived  from  the  N-terminal  subunit
  29. cluster and the second pattern is derived from the C-terminal subunit cluster.
  30.  
  31. -Consensus pattern: C-K-P-C-L-K-x-T-C
  32.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Consensus pattern: C-L-[RK]-M-[RK]-x-[EQ]-C-[ED]-K-C
  37.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Expert(s) to contact by email: Peitsch M.C.
  42.                                 mcp13936@ggr.co.uk
  43.  
  44. -Last update: June 1994 / Text revised.
  45.  
  46. [ 1] Jenne D.E., Tschopp J.
  47.      Trends Biochem. Sci. 17:154-159(1992).
  48. [ 2] Choi-Miura N.H., Takahashi Y., Nakano Y., Tobe T., Tomita M.
  49.      J. Biochem. 112:557-561(1992).
  50.